Thời sơ khai

Hogwarts được sáng lập cách đây hơn 1000 năm bởi hai pháp sư và hai phù thủy: Godric Gryffindor, Salazar Slytherin, Rowena Ravenclaw và Helga Hufflepuff. Về sau, Slytherin với quan điểm chỉ muốn đào tạo những phù thủy mang dòng máu thuần chủng, đã bất đồng ý kiến với ba người kia rồi rời trường và dẫn các đồ đệ của mình theo. Trước khi ra đi, Slytherin đã khôn khéo xây dựng một Phòng chứa Bí mật với mục đích là để cho Hậu duệ của Slytherin tiếp tục sự nghiệp của ông, thả con quái vật giết chóc Tử xà Basilisk ra, tiêu diệt những phù thủy không thuần chủng.

Thời trung đại

Truyện tiết lộ rất ít thông tin về lịch sử của trường sau thời gian sáng lập cho đến ít nhất thập niên 1940. Khoảng 300 năm sau khi trường thành lập, cuộc Thi đấu Tam Pháp thuật được tổ chức lần đầu giữa ba trường pháp thuật danh tiếng nhất châu Âu là Hogwarts, Beauxbatons và Durmstrang. Đó được xem là cách tốt nhất mà các học sinh pháp thuật trao đổi văn hóa và kiến thức. Cuộc thi được tổ chức cứ bảy năm một lần và luân phiên trường-chủ-nhà trong vòng 6 thế kỉ. Vì cuộc thi quá nguy hiểm đến nỗi số người chết tăng quá nhiều, nên người ta quyết định chấm dứt loại hình hoạt động này cho đến năm 1994. Theo luật, chỉ có học sinh từ 17 tuổi trở lên mới có quyền tham gia. Nhưng do có người âm mưu hãm hại nên Harry Potter đã trở thành quán quân bất đắc dĩ khi chỉ mới 14 tuổi.

Thời hiện đại

Năm 1942, một nam sinh tên Tom Marvolo Riddle, hậu duệ của Slytherin và là Chúa tể Hắc ám Voldemort tương lai, đã mở cửa Phòng chứa Bí mật trong năm học thứ năm của hắn. Con Tử xà được giải phóng và bị hắn kiểm soát, giết chết một nữ sinh gốc Muggle tên Myrtle, hiện tại là Ma Myrtle khóc nhè (Moaning Myrtle). Bộ Pháp thuật gần như quyết định đóng cửa ngôi trường vì lý do an ninh. Vì không muốn trở lại cô nhi viện mà mình đã sống hồi nhỏ, Riddle đổ tội cho một học sinh năm thứ 3 là Hagrid và con nhện Aragog, mà Hagrid nuôi. Kết cục là Hagrid bị đuổi học, tuy nhiên Hogwarts đã không bị đóng cửa.

Năm học 1992-1993, Phòng chứa Bí mật một lần nữa được mở ra bởi Ginny Weasley một học sinh năm nhất, khi đó đang bị quyển nhật ký của Tom Riddle (một trong các Trường sinh linh giá của Voldemort) chi phối và điểu khiển. Harry Potter và hai người bạn thân đã khám phá ra sự thật, giết con Tử xà và tiêu hủy cuốn nhật ký.

Năm học 1994-1995, cuộc thi Tam Pháp thuật được tổ chức lại và chọn Hogwarts làm trường chủ nhà. Cuộc thi này đã trở thành một sự kiện lớn của Hogwarts cũng như giới pháp thuật châu Âu. Tuy nhiền, nó đã bị Voldemort lợi dụng để phục vụ mục đích riêng của mình: hắn bắt cóc Harry Potter để hồi sinh đồng thời để môn đồ của hắn giết một học sinh năm 7 khác là Cedric Diggory. Harry Potter sau đó may mắn trốn thoát.

Năm học 1995-1996, Bộ Pháp thuật và hiệu trưởng Albus Dumbledore bất đồng về vấn đề Voldemort trở lại. Căng thẳng đôi bên, trường Hogwarts bị đặt dưới sự quản lý gắt gao của Bộ, thông qua đại điện Dolores Umbridge. Sau cuộc tấn công của Voldemort và tay chân vào Bộ Pháp thuật, bất đồng được giải quyết, Hogwarts giành lại quyền tự chủ. Năm học 1996-1997, tay chân của chúa tể Voldemort đột nhập vào Hogwarts gây ra rối loạn. Hiệu trưởng Albus Dumbledore từ trần. Giáo sư Minerva McGonagall lên nhậm chức.

Năm học 1997-1998, Severus Snape nhận chức hiệu trưởng của Hogwarts. Cuối năm học này, một trận đại chiến diễn ra ở Hogwarts, thường biết đến với tên Trận chiến Hogwarts (the Battle of Hogwarts), giữa một bên là đội quân của Voldemort, một bên là các học sinh, giáo viên Hogwarts, các sinh vật pháp thuât và một số pháp sư. Kết thúc trận chiến, khoảng vài trăm người và sinh vật khác thiệt mạng. Chúa tể hắc ám bị Harry Porter tiêu diệt. Hiệu trưởng Severus Snape từ trần, bị sát hại bởi Voldemort.